Aux cours d'instrument s'accompagnent des cours de théorie musicale et de formation auditive. Inclus dans le prix des leçons particulières (sauf pour les adultes), ces cours se donnent avant ou après la leçon d'instrument de l'élève. Ils sont donnés en petits groupes et sont d'une durée habituelle de 30 à 45 minutes. Les cours théoriques avancés ont lieu à un jour et une heure fixe (horaire à déterminer).

Les élèves travaillent chacun à leur niveau et rythme personnels. Les cahiers de leçons et d'exercices propres à chaque niveau ont soigneusement été préparés pour atteindre les objectifs d'apprentissage de l'École des Jeunes de l'Université de Montréal. Les notions théoriques sont vues par l'entremise d'exercices écrits variés et la formation auditive de l'enfant est développée à travers le solfège et la dictée musicale (rythmiques et mélodiques).

Pour les enfants de 3 à 6 ans, le cours de théorie musicale et formation auditive est remplacé par le cours d'initiation musicale​, également inclus dans les frais des cours d'instrument.